Spelaren från Rotherham kom till den danska European Tour-tävlingen rankad 972 i världen och nummer 216 på Race to Dubai.
På Silkeborg Ry GK föll allt på plats.
Engelsmannen öppnade med 64 slag (-8) som är karriärens bästa rond och samtidigt nytt banrekord.
New course record.
New career-best.
Leader by two.Good day for @Jigger_Thomson#MiD18 pic.twitter.com/nJU3FTLK0N
— The European Tour (@EuropeanTour) 30 augusti 2018
Jonathan Thomson hade en tuff barndom och diagnostiserades med leukemi som sjuåring. Han lyckades dock besegra sjukdomen och friskförklarades fem år senare.
Nu som 22-åring är han ET:s längsta spelare i historien med sina 205 centimeter.
Inne i klubbhuset efter torsdagsronden var Jonathan Thomson ensam etta och i två slags ledning.